Mit dem Organisationserlass ändern sich auch gemäß den Absprachen im Koalitionsvertrag die Zuständigkeiten mehrerer Ministerien teils erheblich – und oft damit auch deren Namen. So wird der Bereich Bildung vom Bereich Forschung getrennt und mit dem Familienressort zum neuen Ministerium für Bildung, Familie, Senioren, Frauen und Jugend (BMBFSFJ) unter Leitung der CDU-Politikerin Karin Prien zusammengefasst. Daneben steht nun das Ministerium für Forschung, Technologie und Raumfahrt (BMFTR) von Dorothee Bär von der CSU.
Die Zuständigkeiten für Klimaschutz werden im Umweltressort unter Leitung von Carsten Schneider von der SPD gebündelt, das nun Bundesministerium für Umwelt, Klimaschutz, Naturschutz und nukleare Sicherheit (BMUKN) heißt – in den vergangenen Jahren war für das Klima auf nationaler Ebene federführend das Wirtschaftsressort zuständig, auf internationaler Ebene das Auswärtige Amt. Der bisher im Umweltressort angesiedelte Verbraucherschutz gehört nun zum Justizressort der SPD-Politikerin Stefanie Hubig, das zum Bundesministerium für Justiz und für Verbraucherschutz (BMJV) wird.
Das Bundesministerium für Arbeit und Soziales (BMAS) unter der SPD-Politikerin Bärbel Bas ändert sich zwar im Kern nicht, allerdings ist dort künftig auch die Beauftragte für Migration, Flüchtlinge und Integration sowie für Antirassismus, Natalie Pawlik, angesiedelt. Das Wirtschaftsressort von Katherina Reiche von der CDU wird insgesamt verkleinert und heißt nun Bundesministerium für Wirtschaft und Energie (BMWE).
Wenig verändert werden die Ministerien für Auswärtiges und für Verteidigung – abgesehen von dem Zuständigkeitswechsel für internationale Klimapolitik. Das Landwirtschaftsministerium unter dem CSU-Politiker Alois Rainer ist nun statt dem Innenressort auch für gleichwertige Lebensverhältnisse und regionale Kultur zuständig und heißt Bundesministerium für Landwirtschaft, Ernährung und Heimat (BMLEH). Das Bundesministerium für Wohnen, Stadtentwicklung und Bauwesen (BMWSB) von Verena Hubertz von der SPD erhält aus dem Umweltressort die Zuständigkeiten für nachhaltige Stadtentwicklung und Raumordnung.
Für Sport ist statt dem Innenressort künftig das Kanzleramt zuständig, ebenso für die Förderung zivilgesellschaftlichen Engagements, die bislang im Familienressort angesiedelt war. In dem Erlass verankert ist auch die im Koalitionsvertrag vereinbarte Bildung eines Nationalen Sicherheitsrats. Dieser soll die Sicherheitspolitik der Regierung koordinieren.